Una rara complicazione della malattia sono i crampi muscolari, l’osteoporosi, la malnutrizione acuta ed evidente con rigonfiamenti e ascite agli arti. La malattia può colpire il sistema nervoso in modo sconosciuto portando a intorpidimento degli arti con atassia cerebrale a causa della sua calcificazione nel cervelletto, E le malattie associate, che i medici hanno notato in pazienti con intolleranza al grano più delle altre persone malattie allergiche e autoimmuni , che comprende la malattia di Hashimoto che colpisce la ghiandola tiroidea e il diabete di tipo I e la malattia di Schugren e le malattie associate, nonché la malattia infiammatoria intestinale, la malattia epatica cronica, l’epilessia e la cirrosi biliare primaria
La carenza di antibiotici è anche più comune nelle persone con allergie al grano e si verificano complicazioni a lungo termine dell’osteoporosi anche nei pazienti che aderiscono al cibo senza glutine.